于谦用他的务实和正直，赢得了朝廷对他的重视。
这时，正是三杨：杨士奇、杨荣、杨溥主持内阁朝政的时候，他们都很重视于谦。
于谦所奏请的事，早上上奏章，晚上便得到批准，都是“三杨”主办的。
人，有走运的时候，就有背运的时候。
“三杨”去世之后，太监王振开始掌权，他作威作福，肆无忌惮地招权纳贿。
百官大臣争相献金求媚，每逢朝会期间，进见王振者，必须献纳白银百两；若能献白银千两，始得款待酒食，醉饱而归。
至于于谦，他每次进京奏事，从不带任何礼品。这事，我们说过。
像于谦这么正直的人，简直就是王振的不共戴天的仇人！
他立即把于谦抓了起来，还判处死刑！
百姓们听说于谦被判处死刑，一时间群民共愤，联名上书。
王振这么多百姓和官员为于谦说好话，当下怕众怒难犯，便编了个理由，称从前也有个名叫于谦的人和他有恩怨，说是把另一个“于谦”和现在这个于谦混淆了，当下把于谦放了出来，降职为大理寺少卿。
山西、河南的官吏和百姓俯伏在宫门前上书，请求于谦留任的人数以千计，周王、晋王等藩王也这样上言，于是，王振无奈，只得再命于谦为巡抚。
这时的山东、陕西流民到河南求食的，有二十余万人，于谦见了，当下请求发放河南、怀庆两府积储的粟米救济。他又奏请令布政使年富安抚召集这些人，给他们田、牛和种子，由里老监督管理。
此后，于谦在巡抚的职务上，前后在任共十九年。
正统十三年，公元1448年，于谦被召回京，任兵部左侍郎。
正统十四年，公元1449年七月，也先大举进犯，王振怂恿朱祁镇亲征。
于谦极力劝谏，但朱祁镇不听。不过，朱祁镇还是很信任于谦，留他主持兵部的工作。
再之后，就发生了土木堡之变。
一时间，京师大为震惊，大家都不知道该怎么办。
朱祁钰监国，便命令群臣讨论作战和防守的方略。
侍讲徐有贞说星象有变化，应当迁都南京。
于谦厉声说：“提议南迁的人应当斩首！京师是天下根本，只要一动便大事去矣。难道不见宋朝南渡的故事吗？”他力主抗战，得到吏部尚书王直、内阁学士陈循等爱国官员的支持。
朱祁钰肯定了他的说法，防守的决策就这样定下来了。
这时，京师最有战斗力的部队、精锐的骑兵都已在土木堡失陷，剩下疲惫的士卒不到十万，人心惶惶，朝廷上下都没有坚定的信心。