再说朱棣进入京城后，分命诸将把守京城及皇城，还驻龙江，他下令抚安军民，同时大肆搜索齐泰、黄子澄、方孝孺等五十余人，并张榜其姓名称是奸臣。
公元1402年六月十四日，诸王群臣纷纷上书劝燕王朱棣登基。
十七日，朱棣拜谒孝陵。
这时，群臣为其准备好法架，奉宝玺，迎呼燕王朱棣万岁。
朱棣此时也不再假惺惺了，当下登上皇帝宝座，在奉天殿即皇帝位。
他恢复周王，齐王的爵位。
二十日，大肆宣扬葬建文皇帝，当然，建文帝并没有死。
二十五日，朱棣杀齐泰、黄子澄、方孝孺，并铲除其家族。
因连坐结党之罪而死的很多。二十六日，迁兴宗孝康皇帝主于陵园，仍称懿文太子。
七月初一，朱棣大祭天地于南郊，顺便祭奉明太祖，下诏曰:“今年以洪武三十五年为纪年，明年为永乐元年。建文帝时更改的成文法制，一复旧制。山东、北平、河南遭兵祸州县，免除徭役三年，没遭兵祸州县与凤阳、淮安、徐、滁、扬三州减免租税一年，余下的全国其他州县全部减免今年田租的一半。”
他的这诏书，很好地争取了民心。
朱棣在争取民心的同时，也在争取藩王之心。
他当上皇帝不久，为了安抚诸位藩王，稳定国内局势，同时表示自己和建文帝的不同，先后复周、齐、代、岷诸亲王旧封；当然，建文帝的兄弟，则是不能让他们为藩王。他把建文帝的弟弟吴王朱允熥、衡王朱允熞、徐王朱允皆降为郡王，同年又将已就藩的朱允熥、朱允熞召到燕京，以不能匡正建文帝为由废为庶人，软禁于凤阳，仅留朱允奉祀懿文太子，而朱允不久也于永乐四年死于火灾。
不过，等朱棣皇位巩固后，他展开和建文帝一样政策，那就是：实行削藩。
周、齐、代、岷诸王再次遭到削夺；朱棣迁宁王于南昌；徙谷王于长沙，旋废为庶人；削辽王护卫；削齐王护卫及官属，不久废为庶人。
这里要说的是，建文帝削藩就是不懂形势，而朱棣削藩，怎么就是掌握了形势呢？
因为，此一时彼一时也！
建文帝继位，藩王势大，所以，要安抚为主，而不是削藩；朱棣即位后，他没有像建文帝一样，一下子削藩，而是先安抚，等自己实力够强大了，这才展开削藩。
由此可知，朱棣比起建文帝来，实在是一个在天，一个在地！
朱棣即位后，对百姓和藩王是安抚，对不服从自己的官员，则是残害！
他攻占南京后，左佥都御史景清行刺朱棣未遂，朱棣当即下令夷其九族，尽掘其先人冢墓。
同时，把忠于建文帝的方孝孺灭了他十族，谪戍者八百七十三人，外亲坐死者复千余人；练子宁之死，弃市者一百五十一人，九族亲家之亲，被抄没戍远方者又数百人；陈迪之死，远戍者一百八十余人；司中之诛，姻族从死者八十余人；胡闰之死，全家抄提者二百七十人；董镛之死，姻族死戍者二百三十人；卓敬、黄观、齐泰、黄子澄、王度、卢原质等皆灭族。
我们之前说到的铁铉，也被朱棣凌迟而死。
朱棣杀了那么多人后，还是觉得有反对自己的人，当下设立监察机构。他设立分遣御史巡行天下的制度，鼓励官吏互相告讦。他利用宦官出使、专征、监军、分镇、刺臣民隐事，设置镇守内臣和东厂衙门，恢复洪武时废罢的 锦衣卫，厂卫合势，发展和强化了专制统治。
后来，东厂成为了最臭名远扬的监察机构。