不久，元顺帝之孙脱古思帖木儿即位，经常骚扰塞上。
洪武二十一年，公元1388年三月，朱元璋命蓝玉率军十五万出兵征讨，大军出大宁，进至庆州，探知元主在捕鱼儿海，蓝玉便抄近路星夜兼程赶到百眼井，此地离捕鱼儿海四十里，仍不见敌兵，蓝玉想引兵返回。
定远侯王弼说：“我们率军十多万人，深入漠北，毫无所获，就这样班师回朝的话，我们怎么去向皇上复命呢？”
蓝玉赞同地说：“对呀。”当下便下令军队穴地而居，不见烟火，乘夜赶到捕鱼儿海南边。
这时，敌营还在海东北八十余里处，蓝玉命王弼为前锋，率骑兵迅速逼近敌营。
敌人以为明军缺乏水草，不能深入，故未加防备，加上大风扬起沙尘，白天都看不见什么。所以，明军的行动，敌军毫无察觉。
王弼率军突然冲至敌营前，元军这才大惊，仓促迎战，结果大败，太尉蛮子等被杀，其部众皆降，仅元主与太子天保奴等数十骑逃走。
蓝玉派精锐骑兵追击，但未追上，仅俘获其次子地保奴、妃嫔、公主以下百余人，后又追获吴王朵儿只、代王达里麻及平章以下官属三千人、男女七万七千余人，以及宝玺、符敕、金银印信等物品，马、驼、牛、羊十五万余头，并焚毁其甲仗蓄积无数。
捷报奏传至京，朱元璋大喜，赐诏奖励慰劳，将蓝玉比作卫青、李靖。
蓝玉又攻占哈剌章营，获人、畜六万。
他班师回朝，晋升为凉国公。
此时的蓝玉，真是风光无限，权倾天下！
第二年，蓝玉受命督修四川城池。
洪武二十三年，公元1390年，施南、忠建二宣抚司南蛮反叛，蓝玉奉命前往讨平。接着，蓝玉又平定都匀安抚司散毛诸洞，被加禄五百石，奉诏还乡。
洪武二十四年，朝廷再命蓝玉统领兰州、庄浪等七卫兵，追讨逃寇祁者孙，于是攻取西番罕东之地，当地首领哈昝等逃遁。
时逢建昌指挥使月鲁帖木儿反叛，蓝玉又奉命率军征讨，当蓝玉率军赶到时，都指挥瞿能等已大破其众，月鲁逃往柏兴州。
蓝玉乃派百户毛海诱捕月鲁父子，送往京城处死，又尽降其众。
他因此请求增设屯卫，朱元璋下诏许可。
蓝玉复请征当地百姓为兵，讨伐朵甘、百夷，朱元璋下诏不许，蓝玉便班师回朝。
蓝玉的战功，自然很大，堪比徐达、常遇春。他在面临困境的时候，能够坚持下去，可见其勇；而对军队的受他指挥，可见其才。
这样的人，比之卫青、霍去病，真是不遑多让。
可是，我们从他想要征百姓当兵，而朱元璋不许，就可以看出来，蓝玉只是个军事家，不是个政治家，因为，他还不懂人性，尤其是不懂朱元璋的人性。
朱元璋，身为大明第一猛人，他的人性，就是不许任何人染指权力！不许任何人威胁到他的统治！
蓝玉，显然不懂朱元璋。
这，就为他后来的覆灭埋下了伏笔。
史书记载蓝玉，说他“身长面赤，有勇有谋，有大将之才。”
这完全没有誉美之词，他确实有勇有谋，有大将之才。