他以中书右丞、徽政院副使张九思为平章政事，让他处理中书省的事。
五月，铁穆耳以中书右丞何荣祖为平章政事，处理中书省的事，以湖广左丞八都马辛为中书右丞。他命中书省派遣官员监察云南、四川、海北海南、广西两江、广东、福建等处六品以下的官员的遴选。六月，御史台大臣上书：“江南地区在宋朝的时候实行两税法，自从阿里海牙改为门摊，增加的课税钱到了五万锭。如今宣慰张国纪请求恢复科夏税，与门摊一起征收，湖、湘地区受害很深啊。”
元成宗铁穆耳立即下令中书省免去这个方法。
他禁止诸王擅自行事，其中有越例亵渎的人，遣使将其拘拿。七月，河南汴梁等地下大雨，黄河决堤，淹没了归德数县的禾稼、庐舍，铁穆耳免其田租一年，并且派遣尚书那怀、御史刘赓等去堵住决堤的大河，自蒲口开始修筑，一共修筑了九十六处。
大德四年，公元1300年底，身在云南的行省左丞刘深好利生事，上奏道：“世祖以神武混壹海内，功盖万世。皇帝继位以来，未有武功以彰显神武天资，西南夷有八百媳妇国未奉大元正朔，请允许为臣我为陛下征之。”
铁穆耳发兵两万出征八百媳妇国，今泰国北部、缅甸东北部，治京泰国清迈。
大德五年，公元1301年正月，元廷发钞近十万锭，作为军费支持用兵。又因金齿诸国阻击元朝的征缅归师，下诏计伐金齿诸国。
后因出征八百媳妇国之元军损失惨重，铁穆耳才决心不再对西南用兵。也就在这时，铁穆耳达成了与笃哇、察八儿等西北诸王的和解，延续几十年的西北战乱得以平息。
五月，云南土官宋隆济举兵叛乱，云南行省自愿征八百媳妇的有二千人。七月，铁穆耳命云南行省的蒙古士兵征讨八百媳妇。八月，派遣薛超兀而等人率兵征讨金齿诸国，当时征缅的大军还师，被金齿所阻挡，并且战死了很多士兵。并且金齿又接连八百媳妇诸个蛮邦，他们相互效法不向元朝缴纳税赋，并且杀戮元朝的官吏，所以发兵征讨。
十一月，铁穆耳派遣刘国杰及也先忽都鲁率兵万人，八剌及阿塔赤将兵五千人，征讨宋隆济。
大德六年，公元1302年正月，晋王甘麻剌薨，元成宗下令封其王印以及内史府印。
元成宗铁穆耳下令探马赤军与江南水手相互教习，以防备海寇侵扰我国东南沿海。江南朱清等贪污贿赂案被揭发出来，牵连了一大批官员，促使成宗再一次下决心查处贪污官员。当年仅七道奉使宣抚官查处罢免的贪官污吏就有18473人之多，查出赃款15865锭，审理冤案5176件。在大都建孔庙（即今北.京国子监孔庙），大德十一年，公元1307年加封孔子为“大成至圣文宣王”。
大德七年，公元1303年三月，因为征讨八百媳妇损兵折将，诛杀刘深，鞭打合剌带、郑祐等人，于是引发出成宗对中书省进行大清洗的事件。
它被看成是成宗后期“朝廷更政”的一个标志。主持“更政”的首相，则是曾以中书左丞相职位辅助过完泽的哈剌哈孙。哈剌哈孙晋位右丞相以后，精选州郡守令，定官吏赃罪十二章及丁忧、婚聘、盗贼等制，禁献户及山泽之利。不过“更政”的实际成效并不很大。同时罢云南征缅分省。小兰禧、岳铉等进《大一统志》。六月，罢除四川宣慰司，设立四川等处行中书省，以云南行省平章脱脱、湖广行省议事平章程鹏飞一起做为平章政事。
大德八年，公元1304年，铁穆耳下令天下官员体恤民情，减省刑罚，免除灾民差税一至三年不等。鉴于江南佃户田租过重，在过去减过十分之三的基础上再减十分之二，且永为定例。同时开放山场、河泊、任民采捕。二月，翰林学士承旨撒里蛮进金书《世祖实录节文》一册、汉字《实录》八十册。四月，元成宗设置千户所戍守定海一带，以防备倭寇的侵扰。命僧道为商人缴纳租税。